Ich glaube das MySQL schneller ist, wenn die Datenbank sehr groß wird.
SQLite speichert ja alles in eine Datei, MySQL jedoch in mehreren dateien.
Wenn jetzt die Datenbank 2 GB haben sollte, kann das bei einer sehr Großen Datei lange dauern, bei mehreren verschiedenen aber nicht so lang.
ACHTUNG: Das sind nur Vermutungen. Ich gebe keine Garantie auf die Richtigkeit diese Beitrags, jedoch war meines Wissens nach MySQL immser schon schneller als SQLite, ich kann mich aber auch täuschen.